馬刺隊 2003-05：新的時代，新的榮耀

在2003-2004 賽季中，馬刺隊在西區半決賽中被老對手湖人隊淘汰出局。湖人隊在先輸兩場的情況下連扳四場。這個系列賽的轉捩點是費雪在第5場比賽還剩下0.4秒時投中了壓哨的致勝球。在這次令人心碎的失利之後，馬刺隊花了整個休賽期來調整球隊的陣容。

球隊從西雅圖市得到了後衛貝瑞，稍後從紐約市得到了中鋒穆罕默德(這次賽季中期用羅斯交換穆罕默德的交易引起了馬刺隊球迷們的驚慌)，並簽下自由球員、老將"大狗"羅賓遜，再加上原來的先發波恩，歐瑞，帕克，吉諾畢利和鄧肯，馬刺隊以59勝23負的戰績結束2004-2005賽季，在西南組排名第一，在西區排名第二。在季後賽中，馬刺隊以4勝1負輕取丹佛市金塊隊，以4勝2負淘汰西雅圖市超音速隊，4勝1負力壓鳳凰城太陽隊，並隨之進入國家職籃聯盟總決賽。在總決賽中，他們在2005年6月23日贏得第7場，以4勝3負擊敗了衛冕冠軍，同時也是本賽季東部冠軍的底特律市活塞隊，獲得了球隊在7年中的第3個總冠軍。鄧肯當選總決賽的最有價值球員，並成為了歷史上第4名3次獲得總決賽最有價值球員的球員(前3個是魔術強森，歐尼爾和喬丹)。同樣，吉諾畢利也成為了一名國家職籃聯盟的巨星，得到了來自本城、全國和全世界球迷的稱讚(特別是在他的家鄉阿根廷)，並入選了這個賽季的全明星賽。